La lagune de Bouin (env. 44 ha), située au nord-ouest du département de la Vendée est une étendue d’eau salée associée à des habitats halophiles et/ou prairiaux (pour la plupart d’intérêt communautaire), séparée de la Baie de Bourgneuf par une digue en béton et terre à l’ouest. La lagune se trouve cernée par deux zones conchylicoles au nord et au sud, à l’est s’étend une vaste prairie halophile puis une ceinture de sept éoliennes. Le site revêt une importance majeure pour les enjeux ornithologiques.
La zone a fait l’objet de nombreux classements :
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- au titre de Natura 2000 et de la directive « Oiseaux » en Zone de Protection Spéciale (ZPS) » FR5212009 – Marais breton, baie de Bourgneuf, île de Noirmoutier et forêt de Monts », ainsi que sur une majorité de sa surface au titre de la Directive « Habitats » en Zone Spéciale de Conservation (ZSC) « FR5200653 » du même nom.
- au titre de la convention de Ramsar sur les zones humides d’importance internationale depuis 2017.
- à l’inventaire national du patrimoine naturel ZNIEFF (Zones Naturelles d’Intérêt Ecologique Floristique et Faunistique), entre autres pour son intérêt ornithologique.
- à l’inventaire français des ZICO (Zones Importantes pour la Conservation des Oiseaux).
- labellisation Espace Naturel Sensible reconnu depuis 2021.
Le reposoir de la Lagune de Bouin comprend en hivernage, entre 5 000 et plus de 20 000 oiseaux d’eau, dont une très grande majorité de limicoles (plus de 95 %). Ces effectifs représentent régulièrement plus de 60 % du total observé en baie de Bourgneuf pour les limicoles. La lagune de Bouin est un des 3 sites les plus importants du site Natura 2000 pour les oiseaux d’eau en hiver avec la RNR du polder de Sébastopol et la RNN de Müllembourg sur l’île de Noirmoutier. Certains de ces oiseaux ont un statut de conservation en déclin comme la Barge à queue noire et le Courlis cendré qui fréquentent la Lagune en migrations comme site de repos et d’alimentation.
La lagune de Bouin est aussi un site historique pour la reproduction des oiseaux d’eau, en particulier pour les laridés. Les travaux de restauration et de création d’îlots à l’automne 2017 dans le cadre d’un contrat Natura 2000 ont permis de recréer des conditions d’accueil favorables pour la Mouette rieuse, la Mouette mélanocéphale, la Sterne pierregarin, l’Avocette élégante et plus récemment la Sterne caugek. Les effectifs nicheurs varient autour de 1 000 couples, principalement des Mouettes mélanocéphales.
Au-delà de l’importance ornithologique, la lagune de Bouin est également un site à fort enjeu floristique avec la présence d’espèces patrimoniales et d’habitats d’intérêt communautaire.
Dans un contexte local assez contraint, il est donc primordial de préserver cet espace naturel sensible au travers d’une gestion adaptée, des pratiques agricoles, de la sensibilisation les professionnels conchylicoles voisins mais également le grand public à l’aide d’action de sensibilisation spécifiques telles que des journées d’appel à bénévoles pour l’entretien des îlots ou de ramassage des déchets.
La Lagune de Bouin est donc un site littoral emblématique de la baie de Bourgneuf, notamment pour le repos et la nidification des oiseaux d’eau. La FDC85 en est gestionnaire depuis 2013.
